1953年，由上海航务学院、东北航海学院、福建航海专科学校三校合并成立了大连海运学院。并校后，学校文书档案由院办文书兼管，平时立卷、归档和保管工作都不健全。1960年，成立文书档案室，但管理人员不稳定，档案工作也没走上正轨。
1962年，档案室有了专职干部，负责指导全院文书的立卷和归档工作。
1964年，开始建立科技档案，文书档案室改名为院综合档案室，直属院长领导，负责集中统一管理全院的文书档案和科技档案。
1964-1965年间，档案室组织人力除建立和规范科技档案外，还对并校前三个学校的文书档案和并校后1953-1963年的文书档案进行了全面清理、归档和鉴定销毁工作。正当工作刚刚打下基础和开展起来之际，由于文化大革命的影响，学校档案室也因此被撤销了十年之久。
1979年，在全国档案工作会议的推动下，学校又恢复建立了综合档案室，当时的档案室是在党委领导下，由一位党委常委副院长主管，日常工作由院办主任直接领导。从此，学校的档案工作走上正轨。
1989年，学校档案工作晋升为辽宁省二级档案管理单位。
1990年，学校设档案专职干部4人，库房面积45平方米。
1992年，调整了档案室地点，由老办公楼搬迁至基础部楼1楼，库房面积增至120平方米，阅档室60平方米，办公室60平方米，实现了三室分开。1992年被评为辽宁省档案管理一级先进单位。
1995年5月，人事档案由人事处并入综合档案室管理。
1996年10月，根据交通部关于档案工作目标管理的要求，学校积极准备晋级工作，校党委研究决定筹建档案馆，并开展目标管理有关工作。
1997年4月，校史展厅、实物档案划归档案室管理。
1997年6月，经交通部批准，档案馆正式成立，副处级建制，挂靠校长办公室，由校长主管，任命朱正健同志为第一任档案馆馆长。由档案馆集中统一管理全校文书、科技、财会、人事、照片、实物档案，并采取分级与集中的形式，设立了出版、经营、声像档案分室。从此学校档案工作又进入了一个新的发展阶段。
1998年3月，学校档案馆晋升为国家二级科技事业档案管理单位。
1998年10月，任命张正军同志为学校档案馆副馆长（正科）。
2001年3月，档案馆不再挂靠校长办公室，为学校独立的副处级机构，归属教辅总支。
2001年3月，设立档案编研岗位。至2005年，档案馆已编写了《档案馆指南》、《全宗简介》、《档案知识简报》等编研材料。
2001年7月，大连海运学校档案对口并入档案馆，共计4015卷。其中文书（1956-2000年）2085卷，教学档案（1992-2001年）294卷，学生成绩单195卷，质量体系文件21卷，财务档案1420卷。至此，档案馆有专职人员8人。
2002年5月，学校正式发文，将出示学生成绩证明及学历认证的工作由原来的教务处划归档案馆负责。
2004年2月，档案馆由基础部楼搬迁到位于老校门的老办公楼，建筑面积增至2000多平方米。
2004年9月，档案馆设立电子档案管理岗位，负责档案信息化建设有关工作。
2005年2月，学校聘期工作调整，原属于宣传统战部管理的声像档案分室合并到档案馆统一管理。至此，档案馆总编制10人。
2005年5月，教师业务档案由人事处并入档案馆。
2008年，学校档案馆整体搬迁到改造后位于东山的文汇楼，建筑面积1967平方米。其中库房面积1061.03平方米。
2008年，在校生出示各类成绩证明工作统一在档案馆办理。
2010年10月-2013年6月，按照交通运输部的要求，开展干部人事档案的整理与整改工作。档案馆与组织部、人事处对学校2000余名在职干部档案共同进行审核整理。
2011年2月，学校聘期调整后，聘任张正军为馆长（副处级），聘期三年。3月增设档案馆副馆长一名（科级），并聘任付玲为副馆长。
2013年5月13-16日，顺利通过交通运输部对学校干部人事档案审核整改工作的验收，并获得95.1的高分。
2014年3月，学校聘期工作调整，负责打印在校生中文成绩及办理在读证明的工作由档案馆调整到学校教务处。
2014年3月，学校聘期工作调整，将人事档案管理从档案馆划入人事处。6月完成了人事档案（含教师业务档案）的搬迁和移交工作。
2017年6月，学校聘期机构调整，档案馆与图书馆合并为图书与档案馆，并将本科、研究生学生档案管理职能分别从学生工作处、研究生院调整到图书与档案馆。聘任那春光为图书与档案馆馆长，张正军为图书与档案馆副馆长（负责档案馆工作），聘期四年。
2018年1月，聘任杨滨旭为档案办公室主任（科级）。档案馆现有在职工作人员13人，含派遣制2名。
2018年3月，正式从学生工作处接收管理本科生档案，从研究生院接收管理研究生档案，开始集中管理全校学生档案。办公室地点在综合楼一楼110室，研究生库房在117室，本科生库房在中远报告厅后厅，总面积约100平方米。
2020年12月，因研究生库房容量不足，从综合楼117室调整至119室。
2021年4月，学校新聘期，聘任那春光为图书与档案馆馆长，聘期四年。
2021年7月，聘任杨悦宾为图书与档案馆副馆长（负责档案馆工作），聘期四年。
2021年7月，聘任杨滨旭为档案办公室主任（科级），聘期四年。
2024年3月，档案馆现有在职工作人员17人。
